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深圳大学是深圳市本土第一家医学院校。其工程学、临床医学、材料科学、生物学与生物化学、计算机科学、化学、物理学、社会科学总论、环境科学/生态学、药理学与毒理学、农业科学、植物学与动物学、神经科学与行为学、精神病学与心理学等14个学科进入ESI学科世界排名前1%。
直属附属医院有4家：深圳大学第一附属医院（深圳市第二人民医院）、深圳大学总医院、深圳大学附属华南医院、深圳大学口腔医院（筹）。
非直属附属医院有3家：深圳大学附属南山医院(华中科技大学协和深圳医院)、深圳大学第二附属医院(深圳市宝安区人民医院)、深圳大学第三附属医院(深圳市罗湖区人民医院)。
非直属附属医院创建单位有4家：深圳市宝安区中心医院、深圳市宝安区妇幼保健院、深圳市口腔医院、深圳市龙岗区骨科医院。